RNAren sekuentziazio masiboa (RNA-seq) belaunaldi berriko sekuentziazioaren sentikortasuna baliatzen duen teknika da, besteak beste, birus-komunitateak (biromak) edo gene-adierazpena aztertzeko. Teknika horri esker, birosfera esplora dezakegu, hau da, ostalari eta ingurune guztietan dagoen birus multzoa. Birosfera osatzen duten birusen % 0,01 baino gutxiago ezagutzen dela kalkulatzen da. Biroma RNA-seq bidez aztertzeak birus-komunitateak osotasunean ikertzeko aukera ematen du, espezie jakinetan soilik jarri beharrean arreta. Era berean, faktore ekologikoek komunitate horietan duten eragina ebaluatzeko aukera ematen du.
Kalitatezko RNA lortzea fauna basatiari buruzko azterketa molekularren lehen urratsetako bat da, baita garrantzitsuenetako bat ere. Erauzketa eraginkorra ez bada, biromaren azterketa edo gene-adierazpenaren analisia baldintzatuta gera daitezke, bereziki landa-baldintzetan jasotako laginekin lan egiten denean.
Duela gutxi, NEIKEReko Animalia Zientzien eta Matematika Aplikatuaren sailetako ikertzaileok artikulu bat argitaratu dugu Canadian Journal of Microbiology aldizkarian. Bertan, ekologia oso desberdineko sei hegazti basatiren lagin mota desberdinetatik RNA erauzteko hiru kit komertzialen errendimendua ebaluatu dugu. Aztertutako espezieak antxeta mokogorria, sai arrea, etxe-txolarrea, basahatea, birigarro arrunta eta arabazozo beltza izan dira. Lortutako RNAren kantitatea, integritatea eta purutasuna ebaluatu dira, baita ondorengo analisi molekularrak oztopa ditzaketen inhibitzaileen balizko presentzia ere. Emaitzek erakusten dute erauzketa-metodoen eraginkortasuna espeziearen eta lagin motaren araberakoa dela, eta ez dagoela kasu guztietarako irtenbide bakar eta unibertsalik. Ebaluatutako metodoen artean, RNeasy PowerFecal Pro kitak (QIAGEN) izan zuen portaerarik sendoena, bereziki gorotz-laginetan, RNAren kalitate hobea eta inhibitzaileen presentzia txikiagoa eskainiz.
Emaitza horiek biromari edo gene-adierazpenari buruzko azterketetan RNA purifikatzeko metodorik egokiena hautatzen laguntzen dute. Hasierako fase hori optimizatzeak ondoren erabiltzen diren teknika molekularren fidagarritasuna handitzea eta lortutako datuen kalitatea hobetzea ahalbidetzen du.
Ane López Moralesen doktorego-tesiaren barruan egindako ikerketa honek metodologia sendoa ezartzen du bere ikerketaren hurrengo faseak garatzeko. Ikerketa horren helburua animalien osasuneko diagnostiko-tresnak eta azterketa epidemiologikoak hobetzen lagunduko duen ezagutza sortzea da.
Argitalpen honek NEIKERek ikerketa zorrotz eta aplikatuarekin duen konpromisoa islatzen du. Kasu honetan, fauna basatiko gaixotasunen zaintza indartuko duten irtenbideak garatzera bideratuta dago.
Artikulua esteka honetan kontsultatu eta deskargatu daiteke: ARTIKULUA
Ikerketa hau MCIN/AEI/10.13039/501100011033, ERDF/EU eta Europar Batasunak finantzatutako INFLUOMA (PID2020-114060RR-C31) eta NEWFLUPREV (PID2023-149441OR-C31) proiektuen esparruan egin da. Ane López-Morales MICIU/AEI/10.13039/501100011033 erakundeak eta FSE+ programak finantzatutako PRE2022-101762 doktoretza aurreko kontratuaren onuraduna da.
