La secuenciación masiva de ARN (RNA-seq) es una técnica que aprovecha la sensibilidad de la secuenciación de nueva generación para, entre otros, estudiar las comunidades de virus (viromas) o la expresión génica. Esta tecnología nos permite explorar la virosfera, o conjunto de virus presente en todos los hospedadores y entornos, de la que se calcula que se conoce menos de un 0.01% de los virus que la conforman. El estudio del viroma mediante RNA-seq permite analizar las comunidades víricas en su conjunto, en lugar de centrarse en especies individuales, así como evaluar el impacto de factores ecológicos sobre dichas comunidades.
La obtención de ARN de calidad es uno de los primeros y más importantes pasos en los estudios moleculares sobre fauna silvestre. Sin una extracción eficiente, el estudio del viroma o el análisis de la expresión génica pueden verse comprometidos, especialmente cuando se trabaja con muestras obtenidas en condiciones de campo.
Recientemente desde los departamentos de Ciencia Animal y de Matemática aplicada de NEIKER hemos publicado un artículo en la revista Canadian Journal of Microbiology en el que evaluamos el rendimiento de tres kits comerciales en la extracción de ARN a partir de diferentes tipos de muestras procedentes de seis especies de aves silvestres con ecologías muy distintas (gaviota reidora, buitre leonado, gorrión común, ánade real, zorzal común y estornino negro). Se han evaluado parámetros como la cantidad, integridad y pureza del ARN obtenido, así como la posible presencia de inhibidores que puedan interferir en posteriores análisis moleculares. Los resultados ponen de manifiesto que la eficacia de los métodos de extracción depende tanto de la especie como del tipo de muestra, y que no existe una solución universal para todos los casos. Entre los métodos evaluados, el kit RNeasy PowerFecal Pro (QIAGEN) mostró el comportamiento más consistente, especialmente en muestras fecales, ofreciendo una mejor calidad del ARN y una menor presencia de inhibidores.
Estos resultados ayudan a seleccionar el método óptimo de purificación de ARN en estudios de viroma o de la expresión génica. Optimizar esta fase inicial permite aumentar la fiabilidad de las técnicas moleculares empleadas posteriormente y mejorar la calidad de los datos obtenidos.
Este estudio, enmarcado dentro del trabajo de tesis doctoral de Ane López Morales establece una metodología sólida sobre la que se desarrollarán las siguientes fases de su investigación, enfocada a generar conocimiento que permita mejorar las herramientas de diagnóstico y los estudios epidemiológicos en sanidad animal.
Esta publicación refleja el compromiso de NEIKER con una investigación rigurosa y aplicada, en este caso orientada a desarrollar soluciones que fortalezcan la vigilancia de enfermedades en fauna silvestre.
El artículo se puede consultar y descargar en este link: ARTÍCULO
Este estudio se ha llevado a cabo en el marco de los proyectos INFLUOMA (PID2020-114060RR-C31) y NEWFLUPREV (PID2023-149441OR-C31) financiados por el MCIN/AEI/10.13039/501100011033, ERDF/EU” y “European Union”. Ane López-Morales es beneficiaria de un contrato predoctoral PRE2022-101762, financiado por el MICIU/AEI/10.13039/501100011033 y FSE+.
