Campylobacter fetus espeziearen genoma osoen ezaugarritzea hainbat herrialdetan: dibertsitate genomikoa eta azpiespezieen arteko erlazio filogenetikoak

Campylobacter fetus albaitaritzaren esparruan garrantzi handia duen espezie patogenoa da, fenotipikoki eta genetikoki lotura estua duten bi azpiespezie dituena. Campylobacter fetus subsp. fetus (Cff) bakterioak noizbehinkako abortuak eragiten ditu behi-aziendan, eta paziente immunodeprimituetan sepsi eta gaixotasun gastrointestinalen kasuak deskribatu dira. Campylobacter fetus subsp. venerealis (Cfv), biovar intermedius-arekin (Cfvi) batera, behien genitalen campylobacteriosia (BGC) eragiten duen bakterioa da, sexu-transmisiozko gaixotasuna, ugalketa-hutsegite goiztiarrak eta behi-aziendan abortuak eragiten dituena. BGC Animalien Osasunaren Mundu Erakundearen nahitaez aitortu beharreko gaixotasun kutsagarrien zerrendan dago sartuta. Mundu osoan zehar hedatutako gaixotasuna da, eta endemikoa Espainian eta ganadua sistema estentsiboetan maneiatzen den eta ugalketa naturala erabiltzen duten beste herrialde batzuetan.

Estatuko behien C. fetus azpiespezieen eta biovarrak ikertzeko eta haien genomen bereiztasunak deskribatzeko, NEIKEReko Animalien Osasun Sailak ikerketa batean parte hartu du Albaitaritza Laborategi Zentraleko, SALUVETeko eta NEIKEReko anduin-bildumetatik lortutako 33 C. fetus-en genomak sekuentziatuz, eta datu-baseetan eskuragarri dauden beste herrialde batzuetako 62 C. fetus-en genomekin konparatuz. Genomen analisiak aukera eman zuen C. fetus-en azpiespezieak eta biovarra zehaztasunez identifikatzeko eta haien genomen aniztasuna ebaluatzeko, ikerketa honetan sekuentziatutako isolatuen artean aldez aurretik deskribatu gabeko genotipoak (MLST motakoak) identifikatuz. Pangenomaren analisi filogenetikoak (core genome SNP analysis) 95 genomak azpiespezie eta biovar mailan bildu zituen, baina Espainiako Cfvi genomak beste herrialde batzuetako Cfvi genometatik bereizi zituen, estatuan zirkulatzen duten anduiak tokiko aldaera desberdinak direla iradokiz. Genoma osoaren elkartze-azterketa baten bitartez (GWAS), pqqL genea identifikatu zen, Cfv-ren gene espezifiko eta identifikazio-metodo zehatzagoak garatzeko hautagai potentzial gisa. Funtzionalitate-analisiak C. fetus-en azpiespezieen eta biovarren genoma osagarrian dauden aldaketak ezagutarazi zituen, ondorengo azterketak merezi dituztenak. Emaitzek Espainian dauden C. fetus-en aldaerei eta azpiespezieen aniztasun genetiko eta funtzionalari buruzko informazio baliotsua ematen dute.

SERIDArekin, Madrilgo Unibertsitate Complutense-arekin (SALUVET) eta Utrechteko Unibertsitatearekin lankidetzan egindako eta MCIN/AEI/10.13039/501100011033 eta FEDER (RTA2017-00076-00-00 proiektua eta 2018-086113 doktoratu aurreko beka) eta Eusko Jaurlaritzako Ekonomiaren Garapen, Jasangarritasun eta Ingurumen Sailarekin (URAGAN 21-00012 Proiektua) finantzatutako ikerlan honen xehetasunak Scientific Reports-en berriki argitaratutako artikuluan, edota esteka honen bitartez eskuragarri daude.

Argazkia: NEIKEReko Animali Osasun Saila

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *