Long non-coding RNAk (lncRNAk) 200 nukleotidotik gorako luzera duten RNA ez-kodetzaileak dira. Gertuko geneak erregulatzen dituzte, eta funtzio garrantzitsua betetzen dute immunitate-erantzunean. Esne-behietan, apenas ez dago hauen presentzia eta karakterizazioari buruzko informaziorik, eta idazkiak ere urriak dira. Modu naturalean, Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) infektatutako animalietan duen funtzioa ere ez da sakon aztertu.
Gerard Badia-Bringuék Center for Livestock Improvement-en (University of Guelph, Kanada) egindako doktorego aurreko egonaldiaren emaitza den ikerketa bat argitaratu berri da. Immunologia-erregulazioan izan dezaketen eragina aztertzeko, behien paratuberkulosiari (PTB) lotutako lesio-mota desberdinak dituzten behi frisiarren balbula ileokekalean (VIC) lncRNAak identifikatzea eta karakterizatzea izan zen ikerketa honen helburu nagusia. Zehazki, hiru taldetan sailkatutako 14 behi Holstein-en balbula ileozekaleko RNAseq-a egin zen (4 lesiorik gabe, 5 foku-lesioekin eta 5 lesio lausoekin). Balbula ileozekala izan zen hautatutako lagina, MAPa sartzeko eta infektatzeko gune nagusia zelako. Analisi bioinformatikoa CLC Genomics Workbench plataformarekin egin zen. Irakurketa gordinak kalitatearen arabera iragazi ziren eta Bos taurusen (ARS_UCD1.2.109) erreferentziazko genomarekin lerrokatu ziren Large Gap Read Mapping (LGRM) metodoa erabiliz. Lerrokatze mota honek oso delezio handiak dituzten sekuentziak lerrokatzea ahalbidetzen du, genoma anotatuta egon beharrik gabe, eta, beraz, lncRNAk berriak aurkitzea errazten du. LncRNA berriak identifikatzeko, FlExible Extraction of lncRNAs (FEELnc) tresna erabili zen, eta DESeq2 zuten animalia-taldeen arteko adierazpen diferentziala ebaluatu zen. LncRNAen adierazpenaren korrelazioa hurbileko gene kodetzaileekin, Pearson-en korrelazioaren bidez zenbatetsi zen, eta osasunean garrantzitsuak diren eskualde genetikoekin duten lotura aztertzeko, GALLO softwarea erabili zen. 1,434 lncRNA identifikatu ziren, % 96ko espezifikotasun eta sentsibilitatearekin. Horietatik 899 berriak ziren, eta ez ziren aurretik idatzi. Zortzi lncRNA lesiodun eta lesiorik gabeko behien artean bereizita zeuden (1 lesio fokalak zituzten behien artean vs. kontrolak, 6 lesio lausoen artean vs. kontrolak eta 2 lesio lausoen artean vs. fokalak), Haien espresioak korrelazioa erakutsi zuen apoptosian, erantzun immunean eta hanturan inplikatutako gertuko geneekin, hala nola MTMR9, RGMB eta HOXA6. Bereiziki espresatutako lncRNA batzuek (lncRNA_1086.1 eta lncRNA_2340.1) minbizian inplikatutako giza lncRNAekiko homologia erakutsi zuten (PRNCR1, HOXA-AS3). Bereiziki espresatutako lncRNAk aldez aurretik PTBrekiko suszeptibilitatearekin eta beste behi-gaixotasun batzuekin (mastitis klinikoa, leukosia eta tuberkulosia) lotutako eskualde genomikoetan zeuden. Gaixotasunaren estadioaren arabera, lncRNA horiek funtsezko funtzio immunoerregulatzaileak izan ditzaketela zenbait infekzioen erantzunean, apoptosiaren modulazioan eta hanturazko erantzunean iradokitzen dute lortutako emaitzek. Bide batez, tresna diagnostiko berriak edo hautespen genetikoko estrategiak garatzeko oinarriak finka ditzaketela ondoriozta genezake.
Azterketa hau PARACON (RTI2018-094192-R-C21) eta PARARESILIENCIA (PID2021-122197OR-C21) proiektuen esparruan egin da. Proiektu horiek MICIU/AEI/ 10.13039/501100011033 eta “FEDER Europa egiteko modu bat” erakundeek finantzatu dituzte.
